466 papers
Deze studie analyseert genoomdata van 639 Vitis-toegangten en onthult dat wijdverspreide introgressie een centrale rol speelt in de adaptieve radiatie van Noord-Amerikaanse druivensoorten, waarbij hybride zwermen worden onderscheiden van echte soorten en parallelle adaptatie grotendeels wordt gedreven door gedeelde genetische variatie.
Dit onderzoek onthult dat de hersenoogparen van de annelide *Malacoceros fuliginosus* via een vroeg evolutionair duplicatieproces zijn ontstaan uit een enkel voorouderlijk oog, waarbij ze een gedeelde bouw en projectiepatroon behouden ondanks hun verschillen in ontwikkeling en celcompositie.
Dit onderzoek toont aan dat frequentie-afhankelijke fitness-effecten, waarbij het selectievoordeel van mutaties afneemt naarmate ze frequenter worden, de regel zijn in plaats van de uitzondering bij *E. coli*, wat fundamentele implicaties heeft voor onze voorspellingen over evolutionaire dynamiek.
Dit onderzoek toont aan dat alternatieve splicing bij stick insecten (Timema) bijdraagt aan seksuele dimorfie en dat deze splicingcomplexiteit systematisch afneemt na de overgang naar aseksuele voortplanting, wat suggereert dat seksuele selectie essentieel is voor het behoud van deze diversiteit.
Dit genomische onderzoek onthult dat de pelagische ctenophore *Mnemiopsis leidyi* in werkelijkheid twee cryptische soorten omvat (*M. leidyi* en *M. gardeni*) die zich tijdens de Pleistoceen klimaattransities hebben gespecieerd als gevolg van oceanografische veranderingen en genomische aanpassingen.
In deze studie wordt wQFM-GDL geïntroduceerd, een nieuwe methode die het QFM-raamwerk uitbreidt met gene duplication and loss (GDL) en onvolledige lijnagescheiding (ILS) om grootschalige soortenbomen nauwkeuriger te reconstrueren dan bestaande methoden zoals ASTRAL-Pro3.
Dit onderzoek toont aan dat zachte selectieve sweeps, die snelle aanpassing aan omgevingsstressoren zoals insecticiden mogelijk maken, de overheersende vorm van positieve selectie zijn bij de gele koekoeksmug *Aedes aegypti*, wat belangrijke implicaties heeft voor bestrijdingsstrategieën.
Deze pioniersstudie gebruikt single-cell transcriptomics om de functionele diversiteit en moleculaire kenmerken van de diverse coelomocyt-populaties in de periviscerale vloeistof van de zeekomkommer *Holothuria forskali* in kaart te brengen, waarbij onder andere stamcellen en carotenocyten worden geïdentificeerd.
Onderzoek toont aan dat de adaptieve evolutie van het essentiële enzym Topoisomerase II in *Drosophila simulans* leidt tot een incompatibiliteit met het *D. melanogaster*-specifieke 359bp-satelliet-DNA, waardoor hybride embryo's niet kunnen overleven en reproductieve isolatie tussen de soorten ontstaat.
Dit artikel beschrijft hoe de ciliate *Paramecium sonneborni* door zijn gescheiden somatische en kiemlijn-kernen herhaaldelijk vruchtbare hybriden kan vormen met zeer ver verwante soorten, waardoor genen met een enorme genetische divergentie toch in het genoom kunnen worden geïntegreerd zonder de fenotypische identiteit van de soort te veranderen.
Deze studie onthult de vroegste aangetoonde aanwezigheid van *Yersinia pestis* in Italië (circa 4950 cal BP) en biedt nieuwe inzichten in de co-infectie met hepatitis B en *Erysipelothrix*-soorten bij prehistorische gemeenschappen in Europa.
In deze studie wordt het 'covariomorph'-model geïntroduceerd in RevBayes om lijn- en karakter-specifieke evolutiesnelheidsvariatie in morfologische datasets te modelleren, wat leidt tot nauwkeurigere fylogenetische schattingen vergeleken met traditionele modellen.
Dit onderzoek toont aan dat de kans op evolutionaire redding van een consumentenpopulatie na een abrupte omgevingsverandering niet alleen afhangt van de intrinsieke groeisnelheid, maar ook sterk wordt beïnvloed door welke ecologische eigenschappen worden aangetast, de residentieel levensgeschiedenis en de genetische architectuur van de populatie.
In deze studie wordt met behulp van een nieuw bioinformatica-pijplijn voor het eerst een uitgebreide genomische survey uitgevoerd naar meer dan 100.000 niet-referentie endogene retrovirale inserties bij 163 wilde huismuizen, waarbij wordt aangetoond dat deze dynamische elementen bijdragen aan structurele variatie, populatieverschillen en adaptieve evolutie.
Dit onderzoek toont aan dat de evolutionaire respons van de bos aardbei (*Fragaria vesca*) op selectiedruk voor groeigrootte en herbivore-resistentie sterk afhankelijk is van de lokale omgevingscontext, waarbij variabele neerslag en herbivorie leiden tot complexe interacties tussen selectie en genetische architectuur die de voorspelbaarheid van evolutionaire trajecten bemoeilijken.
Dit onderzoek toont aan dat geoclimatische schommelingen en oude, wederzijdse adaptieve introgressie van genen in specifieke regio's van het genoom, die gerelateerd zijn aan immuniteit en osmoregulatie, de evolutionaire trajecten en het langdurige overleven van de bedreigde Coilia-vissoorten in Oost-Azië hebben gevormd.
Dit onderzoek onthult hoe genomische en metabolische aanpassingen in *Stemona* leiden tot een gespecialiseerde verdeling van vetzuren tussen elaiosomen en zaden, waarbij elaiosomen oliën produceren die wespen lokken, terwijl zaden voedingsstoffen opslaan, wat een biochemisch mechanisme biedt voor de evolutie van wespendispersie vanuit mieren-dispersie.
Dit artikel introduceert PEINT, een diep-leringskader dat realistische evolutiepaden en functionele eiwitten genereert door complexe interacties tussen aminozuurgaten en insertie-deletieprocessen te modelleren, waardoor de beperkingen van traditionele onafhankelijke-site-modellen worden overwonnen.
Dit paper introduceert een pleiotropisch hitchhiking-model waarin selectie op vliegengrootte de uitlijning van mutatie-, genetische en divergentievariatie in vliegenvleugels verklaart en het snelheidsparadox oplost zonder onzichtbare pleiotrope kosten aan te nemen.
Deze studie toont aan dat openbaar beschikbare, enkel-locus genetische data kunnen worden gebruikt om te bepalen dat historische temperatuurvariabelen de belangrijkste drijvers zijn van de fylogenetische diversiteit van vleermuizen op wereldschaal, hoewel op kleinere schaal ook factoren zoals breedtegraad en bevolkingsdichtheid een rol spelen.